Lahirnya IAIN Ambon tidak terlepas adanya dorongan arus bawah dari kalangan masyarakat Islam yang diprakarsai ulama yang menyadari arti pentingnya kehadiran Pendidikan tinggi Islam di Provinsi Maluku. Memperhatikan banyaknya sekolah dan madrasah/pesantren yang berhasil menyelesaikan program studinya pada tingkat menengah atas atau yang sederajat, sementara belum ada pendidikan tinggi yang dapat menampung tamatan tersebut.
